1906 m. Olimpinės žaidynės Atėnuose pasirodė nepaprastos, nes jos organizatoriai nesilaikė tradicinės ketverių metų pertraukos tarp žaidimų reikalavimo. Dėl šios priežasties olimpiada net nebuvo oficialiai pripažinta Tarptautinio olimpinio komiteto.
1906 m. Žaidynės buvo surengtos pirmosios olimpinių žaidynių, kurios taip pat vyko Atėnuose, dešimties metų sukakties proga. Norėdami dar labiau pabrėžti šių dviejų įvykių ryšį, olimpiados organizatoriai pasirinko tą pačią varžybų schemą, kaip ir 1896 m. Didžioji dalis varžybų buvo rengiamos „Marmuro“ stadione.
Iš pradžių, kai Graikija pateikė pasiūlymą surengti olimpines žaidynes 1906 m., TOK kategoriškai nesutiko. Faktas yra tas, kad iki to laiko olimpinių žaidynių prestižas krito, o visuomenė nebeparodė savo buvusio susidomėjimo jomis. Norint užkirsti kelią galutiniam olimpinio judėjimo žlugimui, reikėjo imtis priemonių, ir nebuvo kuo laukti iki 1908 m. Ir nors TOK vėliau atsisako pripažinti 1906 m. Olimpines žaidynes, ji bus vadinama žaidynių išgelbėjimu, leidusiu sugrąžinti visuomenės ir ypač sportininkų susidomėjimą renginiu, paremti judėjimą ir pačią jo idėją.
Sunkumas taip pat buvo tas, kad pagal tradiciją olimpinės žaidynės turėjo būti rengiamos skirtingose pasaulio šalyse, tačiau 1906 m. Buvo planuojama renginį organizuoti Graikijoje, kuris sukėlė TOK narių nepasitenkinimą. Vienaip ar kitaip, tačiau balandžio 22 d. Įvyko didysis žaidynių atidarymas. Žiniasklaida atkreipė didelį dėmesį į 1906 m. Olimpines žaidynes, todėl į Atėnus atvyko daug sportininkų ir svečių.
Renginyje dalyvavo apie 900 sportininkų iš 20 šalių, iš jų septynios moterys. Pagal 1906 m. Olimpines žaidynes buvo rengiamos šių sporto šakų varžybos: svarmenų kilnojimas, graikų-romėnų imtynės, aptvarai, irklavimas, buriavimas, plaukimas, nardymas, lengvoji atletika, suoliukai ir kulkos, dviračių sportas ir tenisas. Deja, kadangi TOK nepripažino 1906 m. Olimpinių žaidynių, visi apdovanojimai, kuriuos gavo jo dalyviai, buvo negaliojantys ir į juos nebuvo atsižvelgiama ateityje.
Olimpiados uždarymo ceremonija vyko gegužės 2 d. Po renginio jo rezultatai ilgą laiką buvo aptariami įvairiose šalyse, o tai žymiai padidino visuomenės susidomėjimą žaidimais. Tai ypač išryškėjo per 1908 m. Olimpines žaidynes Londone, kuriose dalyvavo daugiau nei 2000 sportininkų.
